Bien que sa présence en F1 ai été facilitée par un concours de circonstances, Yuji Ide n'était pas en apparence dénué de talent pour le pilotage. Malheureusement, il ne démontra pas tout son potentiel en F1.

Yuji se retrouve dans le championnat All-Japan de Formule 3 en 2000 avec l'équipe Dome Project, comme lieutenant du français Sébastien Philippe. Ces deux pilotes brillent au cours de la saison, le nippon s'impose à deux reprises à Tsukuba et Suzuka pour terminer vice-champion derrière Philippe. En 2001, il dispute les Grands Prix de Corée et de Macao. Mais au sein de la crème des grands pilotes de F3, il ne peut faire mieux que septième. En 2002, le voilà en France avec Signature Plus, sa saison est plutôt moyenne si on la compare à 2000, mais Yuji réussit malgré tout à accrocher une victoire à son palmarès à Croix-en-Ternois. Après avoir terminé deuxième de la première épreuve il s'impose lors de la deuxième course. Il termine l'année en septième position au classement du championnat.

Il revient ensuite dans son île natale pour la saison 2003 pour disputer le championnat de Formule Nippon, l'équivalent de la F3000. Avec l'équipe Cerumo, Yuji réalise une saison convenable, ponctuée par des podiums à Mine et sur le Motegi Twin Park, il se classe septième au championnat. Il quitte Cerumo pour Impul, et les résultats s'améliorent bien vite, il décroche de nombreuses places d'honneur, avec une victoire à Motegi, il se hisse sur le podium final. Enfin, la saison 2005 voit la confirmation de ses belles performances passées, il s'impose à Suzuka et à Mine et termine vice-champion, devant céder la couronne à Satoshi Motoyama, plus régulier et performant tout au long de l'année. Fin 2005, Aguri Suzuki annonce la création de l'équipe Super Aguri F1, aidée par Honda qui apporte un soutien financier et le pilotage (controversé) de Takuma Sato.

Après avoir énoncé le nom de Kosuke Matsuura, ce sont finalement les 7.5 millions de dollars de Mobilecast qui ont convaincu Suzuki d'engager Yuji Ide. A Bahreïn et en Malaisie, il casse son moteur dans l'anonymat le plus complet... Il se fait remarquer en Australie en calant en plein milieu de la piste durant les essais et termine le Grand Prix à la treizième et dernière place. L'arrivée de la F1 en Europe sonne le glas de sa carrière. Lors du Grand Prix de Saint Marin, il envoi Christijan Albers dans une série de tonneaux au troisième virage. Il est alors remplacé par Franck par Montagny pour les Grand Prix suivants et la FIA lui retire sa super-licence peu après.